Die Praxis ist gut organisiert: Die Kassenabrechnung läuft digital, Privatpatienten erhalten Rechnungen, daneben gibt es Selbstzahlerleistungen und gelegentliche Barzahlungen. Kommt eine steuerliche Außenprüfung hinzu, reicht es nicht aus, die Jahresabschlüsse griffbereit zu haben. Die Zahlen müssen sich auch aus den einzelnen Abrechnungs- und Buchungssystemen nachvollziehen lassen.
Eine Betriebsprüfung bedeutet nicht automatisch, dass ein konkreter Verdacht besteht. § 193 Abgabenordnung (AO) lässt Außenprüfungen ausdrücklich auch bei freiberuflich Tätigen zu. Die entscheidende Frage für die Praxisleitung lautet deshalb: Welche steuerlich relevanten Vorgänge müssen prüfbar sein, und wie lässt sich das ohne unnötige Offenlegung sensibler Patientendaten organisieren?
Was die Prüfungsanordnung festlegt
Die Finanzbehörde teilt die Prüfungsanordnung, den vorgesehenen Beginn und die Prüfer grundsätzlich angemessene Zeit vor Beginn mit, soweit dadurch der Prüfungszweck nicht gefährdet wird (§ 197 AO). Der Umfang kann mehrere Jahre, mehrere Steuerarten oder einzelne Sachverhalte betreffen (§ 194 AO). Bestehen wichtige Gründe, kann eine Verschiebung des Prüfungsbeginns beantragt werden.
Davon zu unterscheiden ist die Kassen-Nachschau nach § 146b AO: Sie darf unter den gesetzlichen Voraussetzungen auch ohne vorherige Ankündigung stattfinden. Aus ihr kann bei entsprechenden Feststellungen eine Außenprüfung entstehen. Beide Verfahren sollten deshalb nicht verwechselt werden.
1. Sind alle Einnahmen vollständig und sinnvoll getrennt?
Eine Arztpraxis verfügt häufig über verschiedene Erlösquellen: Abrechnungen mit der Kassenärztlichen Vereinigung, Privatliquidation, Selbstzahlerleistungen und gegebenenfalls weitere Einnahmen. Für die steuerliche Prüfung muss erkennbar sein, dass keine Zahlungen fehlen, doppelt erfasst werden oder in einer falschen Erlösgruppe landen.
Dazu gehört der nachvollziehbare Abgleich zwischen Abrechnungssystem, Zahlungseingang, Bankkonto und Finanzbuchhaltung. Auch Stornierungen, Erstattungen und zeitliche Abweichungen zwischen Behandlung, Rechnung und Zahlung sollten erklärbar sein. Das sind konkrete Abstimmungsfelder für die Vorbereitung, keine Aussage darüber, dass jede Betriebsprüfung identische Schwerpunkte setzt.
2. Warum „ärztliche Leistung“ nicht immer „umsatzsteuerfrei“ heißt
§ 4 Nr. 14 Buchst. a Umsatzsteuergesetz befreit insbesondere Heilbehandlungen im Bereich der Humanmedizin von der Umsatzsteuer. Maßgeblich ist der medizinische Zweck der konkreten Leistung, nicht allein die berufliche Qualifikation der ausführenden Person oder die Tatsache, dass eine Rechnung aus einer Arztpraxis stammt.
Deshalb müssen umsatzsteuerfreie Heilbehandlungen von möglicherweise steuerpflichtigen Leistungen fachlich und buchhalterisch getrennt beurteilt werden. Das kann etwa bei bestimmten Selbstzahlerangeboten, rein kosmetisch motivierten Leistungen oder Warenumsätzen relevant werden. Ob eine konkrete IGeL-Leistung steuerfrei ist, lässt sich nicht allein am Etikett „IGeL“ entscheiden.
Bei gemischten Umsätzen gehört auch die Behandlung der Vorsteuer in die Prüfung: Nicht jeder Eingangsbeleg berechtigt automatisch zum vollen Vorsteuerabzug. Vertiefend erläutert unser Beitrag Umsatzsteuer in der Arztpraxis: Wo die Steuerbefreiung endet diese Abgrenzung.
3. Praxisorganisation, Mitarbeitende und steuerliche Einordnung
Bei Praxisgemeinschaften, Berufsausübungsgemeinschaften und Beschäftigung angestellter Ärzte kann die Zuordnung und Organisation ärztlicher Leistungen steuerlich bedeutsam sein. Der BFH hat am 16. Juli 2014 (VIII R 41/12) betont, dass die leitende und eigenverantwortliche Tätigkeit von Praxisinhabern auch bei angestellten Ärzten möglich bleibt, wenn ein hinreichender patientenbezogener fachlicher Einfluss besteht.
Bei Mitunternehmerschaften ist die Beurteilung differenziert: Mit Urteil vom 4. Februar 2025 (VIII R 4/22) erkannte der BFH im konkreten Fall auch die Tätigkeit eines weit überwiegend organisatorisch arbeitenden Zahnarztpartners als freiberuflich an. Daraus folgt gerade keine einfache Faustregel, wonach Organisationstätigkeit immer schädlich oder jede Anstellung unproblematisch wäre.
Je nach Prüfungsanordnung können außerdem Lohnsteuerfragen, die Abgrenzung von Betriebsausgaben und privaten Aufwendungen oder die Zuordnung von Gemeinschaftskosten relevant sein. Deshalb sollte die Praxisorganisation nicht getrennt von den steuerlichen Buchungen betrachtet werden.
4. Digitale Aufzeichnungen, Kasse und Datenzugriff
Nach § 200 AO müssen Steuerpflichtige bei der Sachverhaltsaufklärung mitwirken, Auskünfte erteilen und steuerlich relevante Bücher, Aufzeichnungen und Unterlagen vorlegen. Für elektronisch geführte Unterlagen sieht § 147 Abs. 6 AO unter gesetzlichen Voraussetzungen einen Datenzugriff und maschinell auswertbare Datenüberlassungen vor. Die GoBD konkretisieren die Ordnungsmäßigkeit elektronischer Aufzeichnungen; sie wurden unter anderem am 14. Juli 2025 angepasst.
Bei Barzahlungen ist eine nachvollziehbare Kassenführung wichtig. Die besonderen Anforderungen an elektronische Aufzeichnungssysteme nach § 146a AO gelten, wenn ein entsprechendes gesetzlich erfasstes System eingesetzt wird. Aus der Möglichkeit einer Kassen-Nachschau folgt nicht, dass jede Arztpraxis ungeachtet ihrer tatsächlichen Kassenorganisation zwingend eine elektronische Registrierkasse anschaffen muss.
Patientengeheimnisse dürfen dabei nicht beiläufig in einen pauschalen Datenexport geraten. Steuerlich erforderliche Unterlagen und Gesundheitsdaten sind vorab sorgfältig abzugrenzen. Bei Zweifeln sollte die Praxis gemeinsam mit ihrer steuerlichen Beratung und der für Datenschutz verantwortlichen Stelle klären, in welcher Form die verlangten Daten rechtmäßig bereitgestellt werden.
Was vor dem Prüfungstermin sinnvoll vorbereitet werden kann
- Prüfungsanordnung lesen: Steuerarten, Jahre, betroffene Einheiten und angeforderte Daten festhalten.
- Erlöswege abstimmen: KV-Abrechnung, Privatliquidation, IGeL-Rechnungen, Kontoauszüge und gegebenenfalls Kassenbuch nachvollziehbar zusammenführen.
- Umsatzsteuer prüfen: Medizinische Zweckbestimmung und Steuerbefreiung für relevante Leistungsarten dokumentieren.
- Systeme dokumentieren: Buchhaltungssoftware, Praxisverwaltung, Schnittstellen und Datenexporte mit Verantwortlichen abstimmen.
- Eine Ansprechperson bestimmen: Rückfragen und Unterlagen zentral koordinieren; Änderungen und Erläuterungen nachvollziehbar protokollieren.
Eine Außenprüfung hat auch eine rechtliche Struktur: Der Prüfer hat nach § 199 Abs. 1 AO sowohl zugunsten als auch zuungunsten des Steuerpflichtigen zu prüfen. Nach § 201 AO ist eine Schlussbesprechung vorgesehen, soweit sie nach den gesetzlichen Voraussetzungen nicht entbehrlich ist. Früh geklärte Sachverhalte verringern dabei den Erklärungsaufwand.
Steuerlich vorbereitet statt kurzfristig improvisiert
Die Dr. Friedbert Maier Steuerberatungsgesellschaft mbH unterstützt Ärzte und Praxisgemeinschaften bei der Aufbereitung steuerlicher Unterlagen, der Einordnung von Leistungsarten und der Kommunikation mit der Finanzverwaltung im Rahmen der Steuerberatung. Sie erreichen uns in Saarbrücken und Mannheim.
Stand: 23. Oktober 2026. Allgemeine steuerliche Information. Anforderungen der Schweigepflicht und des Datenschutzes sind bei konkreten Datenanforderungen gesondert zu prüfen; eine datenschutzrechtliche Einzelfallberatung ist damit nicht verbunden.